Hacia las 15:35 horas (21:35 GMT), Zelaya abandonó Honduras en un avión acompañado de su esposa, Xiomara Castro, su hija Hortensia y su asesor Rasel Tomé.
Zelaya salió de la sede diplomática hacia al aeropuerto de Toncontín alrededor de las 15:00 hora local (21:00 GMT), en un vehículo que formaba parte de una comitiva compuesta por una veintena de automóviles.
El depuesto mandatario iba acompañado del presidente de República Dominicana, Leonel Fernández, y del flamante presidente de Honduras, Porfirio Lobo, quien había asumido su cargo unas horas antes, luego de ganar las elecciones del pasado 29 de noviembre.
Salvoconducto
Lobo había prometido sumarse a la delegación que acompañó a Zelaya desde la representación diplomática brasileña al aeropuerto, informó Caio Quero, enviado especial de la BBC a Tegucigalpa.
Se prevé que Zelaya llegará a República Dominicana a primeras horas de la noche del miércoles, y reportes desde ese país indican que podría alojarse en una casa de vacaciones.
Zelaya había regresado el 21 de septiembre a Honduras de forma clandestina para tratar de recuperar el poder, tras el golpe de Estado del 28 de junio y de su inmediata expulsión del país hacia Costa Rica.
Pero no pudo lograrlo, a pesar de los denodados intentos de negociación con el gobierno interino liderado por Roberto Micheletti, y de la mediación del presidente de Costa Rica, Oscar Arias.
Lobo había llegado a un acuerdo con Fernández el pasado 20 de enero por el que se comprometió a otorgarle un salvoconducto a Zelaya para poder abandonar el país.
Nueva etapa
La asunción del empresario Porfirio Lobo como presidente de Honduras, tras siete meses de profunda crisis política por el golpe de Estado, marca una nueva etapa en la historia del país.
Lobo, de 62 años, tendrá entre sus retos inmediatos dar legitimidad a su gobierno ante la comunidad internacional y la recuperación del comercio, los fondos y créditos extranjeros interrumpidos tras el golpe.
Lobo prometió mantenerse fiel a la República y a sus leyes durante una ceremonia a la que asistieron pocos dignatarios de otros países.
Tras la investidura de Lobo, juraron sus cargos los tres vicepresidentes de Honduras, María Antonieta de Bográn, Samuel Reyes y Víctor Barnica.
Según el periodista de BBC Mundo Arturo Wallace el nuevo mandatario encuentra un país aún sacudido por la crisis política e institucional de junio, cuando Zelaya fue depuesto por sectores de la sociedad con la ayuda de los militares.